Итак, столкнулся с проблемой, макрос слетает при переключении на второе окно. Варианты переключения окон Альт+Таб и еще несколько подобных не прокатили Нашел вот такой вариантик, который мне помог:
Запускаем макрос из быстрой панели не щелчком мышки, а нажатием соответствующей клавиши (F1 - F12), после нажатия клавиши щелкаем мышкой по второму окну.
Еще один вариант (я его не опробовал еще), это откатить DirectX на более раннюю версию.

Еще один вопрос возник недавно: "Как сделать задержку действия в макросе?"
Сделал все как в общеизвестном описании, выглядит так: /delay 10 Задержка работает (10сек).